南省中医医院的前身是始建于1947年的云南大学医学院附设医院分院，经云南省人民政府批准于1955年正式改建为云南省中医医院，迄今已有63年的建院历史，是全国建设历史较长的省级中医医院之一，为大型综合性三级甲等中医医院，2007年被云南省卫生厅授予“云南省中医名院”称号。
经过63年的发展，医院现在已成为人才荟萃，技术力量雄厚，科室齐全，设备先进，并形成院有专科、科有专病、病有专药、中医特色突出的大型综合性三级甲等中医医院，2007年被评为云南省中医名院。年门诊量65万人次，年出院患者1.5万人次。医院现有病床 560张，有29个临床、医技科室，14个临床教研室及一个占地4000多平方米、能生产20多种剂型80多个品种的现代化的中药制剂中心;有国家级重点专科3个、国家级重点学科3个、云南省中医名科8个、云南省重点专科(专病)25个;同时也是国家药物临床试验机构及国家中药现代化科技产业(云南)基地中药新药GCP中心、国家中医药国际合作基地、国家中医药管理局慢性前列腺炎补肾通利重点研究研究室、国家中西医结合传染病临床(云南)基地建设单位、国家中西医结合急诊临床(云南)基地建设单位，有中医内科学、针灸学2个省级重点学科，有中医内科研究中心、中西医结合男科研究中心2个省级研究中心、中医风湿病、中医脑病2个省级研究室， 有8个硕士研究生学位授予点。现有各类专业技术人员986人，其中高级专业技术职称人员147人;有国家级和省级名中医22人;医院还是云南中医学院的临床医学院，承担硕士研究生、本科生、专科生、成人教育等不同层次的教学工作;医院同时还是国家批准的接收外籍学员，开展中医非学历教育的进修学习单位，2008年，医院被国家中医药管理局评定为中医药国际合作基地。医院在市区内还设有8个专科和专家门诊部，开展相应的社区医疗服务。
医院同时还是集云南省90家州(市)、县(区)中医院为一体的“云南省中医医疗集团”的总医院;在风光秀丽的滇池度假区开设有云南省中医医院滇池度假区医院;新选址扩建的滇池院区一期1200张病床项目即将启动。
医院同时也是云南省和昆明市城镇职工和城镇居民医疗保险的定点医疗机构和医疗保险定点转诊的医疗机构，是云南省新农合定点医疗机构，医院已经开通云南省内异地医疗保险持卡就医系统。
云南省中医医院