昆明市中医医院始建于1956年，是一所集医疗、教学、科研、防保、康复、社区医疗等综合服务能力为一体的“三级甲等”中医医院、云南中医学院第三附属医院、云南省中医名院、陆军预备役师医院、国家中医药管理局中医药优势学科(中医外科肛肠病学)继续教育基地、昆明市中医药制剂中心。2013年荣获“全国卫生系统先进集体”称号。
医院地处昆明市中心，在全院职工的共同努力下，医院规模不断壮大，现有院本部和关上院区两个执业点，总占地面积21343.66平方米，总建筑面积36193.2平方米，开放床位640张，设有23个临床科室、10个医技科室、2个社区卫生服务站。年门诊量达44余万人次，出院1.6万人次。目前在建的呈贡新区医院投资8亿，占地面积124亩，总建筑面积118000平方米，病床 1000张，预计2015年建成后逐步投入使用，届时医院总床位数会达到1640张，综合服务能力将大大提高。
医院现有在职职工709人。其中高职128人，中职215人，硕士研究生导师23名，博士、硕士研究生92名;享受国务院政府特殊津贴专业技术人员4名;省有突出贡献的优秀专业技术人员3名;享受省政府特殊津贴6人;市突出贡献的优秀专业技术人员10名;国家、省级名老中医师承指导老师7名;全国优秀中医临床研修人才5名，省、市荣誉名中医及名中医26名;省、市、局级学术和技术带头人、后备人选33人。
医院一直把中医特色专科专病建设作为事业发展的主线来抓，逐渐形成一批优势学科，现拥有国家、省、市级重点专科专病30个，省、市级内设研究及技术中心10个。其中，骨伤科通过国家中管局“十一五”重点专科验收，针灸科、肺病科、重症医学科为国家中管局“十二五”重点专科建设单位;肺病科2012年入选国家“临床重点专科(中医专业)” 建设单位。昆明市科技创新团队2个。 “治未病”中心入选国家中医药管理局“2013年中医药预防保健及康复临床服务能力建设项目”。
医院历来重视中医药继承工作，有着悠久的中医药传承的光辉历史和影响力，中医文化底蕴深厚，名医名家荟萃。建立了四级中医药学术传承工作体系，先后产生了国家级师带徒指导教师6名，省、市级师带徒指导老师17名，培养了国家级中医药继承人18名，省级、市级51人。入选全国名老中医药专家传承工作室、云南省名老中医药专家传承工作室4个建设项目，1个第一批全国中医学术流派传承工作室建设单位。
医院始终坚持“科技兴院”的发展战略，曾获国家、部级科技进步奖4项，省级9项，厅市级33项，国家发明专利15项，出版学术专著30余部。目前承担国家、省、市各级科研课题项目60余项。能生产蜜丸、水叠丸、散剂、片剂等10余种剂型，有列入医保用药目录特色制剂82余种。
教学方面承担着云南中医学院硕士研究生、医学本科生、护理本科、大中专生等的临床实践教学工作，并承担住院医师、专科医师及全科医师规范化培养、留学生等多项教学任务。近三年来带教实习进修人员2000余名，带教瑞士、加拿大、德国、美国、意大利、法国、土耳其等外国留学生200余人，向国内外培养和输送了大批的医学专业人才。
面对新的机遇和挑战，医院将遵循中医药自身的发展规律，继承与创新，坚持 “特色立院、专科强院、创新兴院、开放活院、环境优院”的发展战略，秉承“究医术之精，谋大医之德”的医院文化精神，科学管理，务实创新，实现医院又好又快的全面发展，为人类健康、社会进步做出新的更大的贡献。
昆明市中医医院